Volgens hem had het Tweede Vaticaans Concilie gekozen voor een doorbreken van de uniformiteit en het accepteren van pluriformiteit. Daarom zou een kerkprovinciaal concilie een handleiding moeten geven voor de manier waarop de inzichten van het Tweede Vaticaans Concilie in Nederland zouden moeten worden toegepast.

De Vet was als eerste met het idee gekomen, maar de andere Nederlandse bisschoppen stonden er ook achter. Met name kardinaal Alfrink zag De Vet als degene die in staat was een dergelijk concilie te organiseren.

Maar al op 16 maart van het volgende jaar maakten de bisschoppen tijdens een persconferentie bekend dat ze de term ‘provinciaal concilie’ hadden veranderd in ‘pastoraal concilie’. Daarmee had het concilie geen kerkrechtelijke basis meer. Het kon alleen nog adviezen uitbrengen aan de bisschoppen. Maar ook hoefde het zich nu ook niet meer te beperken tot wat er tijdens het Tweede Vaticaans Concilie op de agenda had gestaan. Er leefden onder de Nederlandse katholieken namelijk veel meer vragen.  De bisschoppen merkten dat de opvattingen van de gelovigen over onder meer het kerkbezoek en de beleving van het huwelijk snel aan het veranderen waren.  Het pastoraal concilie hoefde zich nu niet meer te beperken tot het bekend maken en uitvoeren van de besluiten van het Tweede Vaticaans Concilie. Nog belangrijker was dat alle gelovigen konden deelnemen. Dat is bij een provinciaal concilie niet het geval. Het ‘Pastoraal Concilie van de Nederlandse kerkprovincie’, zoals het voortaan werd genoemd, zou een veel breder beraad worden waarvan de besluiten uiteindelijk toch in beleid zouden moeten worden omgezet. Dat was uitdrukkelijk de bedoeling.  De naam ‘concilie’ was dus eigenlijk niet juist meer, maar de bisschoppen hielden eraan vast om te wijzen op de relatie met het Tweede Vaticaans Concilie.

De officiële opening van het Pastoraal Concilie vond plaats op 27 november 1966. Er werden vijftien studiecommissies opgericht die ontwerp-rapporten opstelden. Bij het opstellen van die rapporten werd onder meer gebruik gemaakt van verslagen van de meer dan 15.000 ‘conciliaire gespreksgroepen’ die in het hele land waren opgericht en van brieven die waren bezorgd in de speciale ‘conciliepostbussen’ van het secretariaat van het concilie. De rapporten bouwden niet alleen voort op het Tweede Vaticaans Concilie, maar probeerden het geloof in overeenstemming te brengen met de mentaliteit die er rond 1968 in Nederland heerste: een geest van optimisme, geloof in de vooruitgang en van streven naar democratisering. Bisschop De Vet was toen al overleden. De organisatie van het Pastoraal Concilie kwam in handen van Walter Goddijn o.f.m. Als naaste adviseur van kardinaal Alfrink had hij een grote invloed op het beleid van de Nederlandse bisschoppen.

De plenaire zittingen van het concilie vonden plaats tussen 3 januari 1968 en 8 april 1970 in Noordwijkerhout. Er waren in totaal zes plenaire vergaderingen, die twee tot drie dagen duurden. Deelnemers waren de bisschoppen, tien gekozen vertegenwoordigers uit elk bisdom, tien religieuzen en vijftien leden die door de bisschoppen waren aangewezen. Achtereenvolgens werden de volgende thema’s behandeld: Kerkelijke gezagsuitoefening, missie, ontwikkelingssamenwerking, de ethische levenshouding van de christen, huwelijk en gezin, ruimte voor de jeugd, secularisatie, de hedendaagse geloofsbeleving, de vernieuwing van de geloofspraktijk, de religieuzen, het functioneren van het kerkelijk ambt, de eenheid van de christenen, de verhouding tussen joden en christenen, vragen rond de verkondiging en de verantwoordelijkheid van de christen voor de vrede.

De inbreng van leken was bijzonder groot. De rooms-katholieke Kerk in Nederland beschikte over een groot kader van goed opgeleide gelovigen die de democratisering die ze in de maatschappij zagen optreden ook in de Kerk wilden doorvoeren. Tijdens de zittingen was er veel belangstelling van de pers uit binnen- en buitenland. Het concilie werd zo een openbaar experiment: bisschoppen, priesters en leken discussieerden hier op voet van gelijkheid over de toekomst van de Kerk. De manier waarop de bisschoppen dit deden zorgde ervoor dat in Nederland ook buiten de Kerk hun gezag toenam. Vooral de aartsbisschop van Utrecht, kardinaal Alfrink, werd gezien als een voorbeeld van een modern kerkelijk leider. Bij de sluiting van het Pastoraal Concilie zei Alfrink: “Wij hebben samen dat nieuwe kerkbeeld trachten te beleven zoals dat in de dogmatische constitutie Lumen gentium over de Kerk oprijst. Niet meer het beeld van de hiërarchisch opgetrokken en statische kerk, maar het dynamische beeld van het Volk van God in zijn geheel, waarbinnen de hiërarchie een legitieme plaats en een eigen authentieke opdracht heeft.”

Behalve journalisten waren er verder geen buitenlanders aanwezig tijdens het Pastoraal Concilie: er waren geen buitenlandse bisschoppen en behalve de internuntius waren er geen vertegenwoordigers van het Vaticaan uitgenodigd. Dit en het feit dat de aanwezige journalisten niet allemaal evenveel verstand van zaken hadden zorgde ervoor dat Rome erg eenzijdig werd geïnformeerd.

Dat was een probleem want ook in het Vaticaan werd het concilie nauwlettend gevolgd. De verhouding tussen de Nederlandse bisschoppen en de curie was in de laatste jaren verslechterd. De pleidooien die kardinaal Alfrink tijdens het Tweede Vaticaans Concilie had gehouden voor een meer collegiaal bestuur van de Kerk waren ten onrechte geïnterpreteerd als pogingen om de macht van de paus te beknotten. Daarna was kardinaal Alfrink naar Rome ontboden omdat de ‘Nieuwe katechismus’ die de Nederlandse bisschoppen in 1966 hadden laten samenstellen onjuistheden zou bevatten. In 1968 volgde een afwijzende reactie in Nederland op de encycliek ‘Humanae vitae’, die het gebruik van voorbehoedsmiddelen verbood.

Hierdoor was er een kloof ontstaan tussen Rome enerzijds dat meende dat de Nederlandse bisschoppen hun gezag over de gelovigen waren verloren en de Nederlandse gelovigen anderzijds die ervan overtuigd raakten dat vanuit Rome de vernieuwingen van het Tweede Vaticaans Concilie werden teruggedraaid.

Het pastoraal concilie vergrootte deze kloof. Met name de aanbevelingen van het concilie om op termijn ook vrouwen tot alle wijdingen toe te laten en om het verplichte priestercelibaat op te heffen, leidden ertoe dat men in Rome maatregelen ging nemen tegen de eigenzinnige koers van de Nederlandse kerkprovincie.Tijdens de vijfde plenaire vergadering van het pastoraal concilie, die in januari 1970 werd gehouden, kwam de volgende aanbeveling in stemming: “Aan de toekomstige priesters wordt het celibaat niet meer als voorwaarde gesteld voor de ambtsbediening.” De aanbeveling werd aangenomen met 90 stemmen voor, 6 tegen, 2 blanco en 8 onthoudingen (de bisschoppen). Naar aanleiding hiervan kwamen de Nederlandse bisschoppen, abten en provinciaals op 19 januari 1970 met een persverklaring waarin ze stelden dat de geloofsgemeenschap ermee gebaat zou zijn als ook gehuwde mannen priester zouden kunnen worden. Ze voegden daaraan toe dat dit alleen maar kon in overleg met de paus. Maar de paus wachtte dit overleg niet af. Op 1 februari zei hij tijdens zijn toespraak voor het angelus-gebed dat het celibaat niet ter discussie stond. Tijdens een gesprek dat hij in maart 1970 had met kardinaal Alfrink liet hij alleen de mogelijkheid open dat wanneer er een ernstig priestertekort zou optreden, ‘rijpe gehuwde mannen’ tot priester zouden kunnen worden gewijd.Van de ontwerp-rapporten die tijdens het pastoraal concilie waren besproken, werden nooit de definitieve teksten gepubliceerd. Het bleef bij een aantal beleidsaanbevelingen. Een Landelijke Pastorale Raad had de uitspraken van het Pastoraal Concilie verder moeten uitwerken, maar voor de oprichting van de raad gaf Rome geen toestemming. Wel kwam er een Landelijk Pastoraal Overleg, maar dat had nauwelijks invloed en werd na enkele jaren alweer opgedoekt.

Terwijl in Nederland de bisschoppen aan gezag hadden gewonnen, was in Rome de indruk ontstaan dat ze juist hun gezag hadden verloren. Alfrink werd gezien als de voornaamste schuldige. Met de benoeming in 1970 van Ad Simonis tot bisschop van Rotterdam probeerde Rome dit gezag te herstellen. Simonis was deelnemer aan het Pastoraal Concilie geweest en was opgevallen door zijn kritische houding. Veel gelovigen die het concilie positief hadden beoordeeld, zagen deze benoeming als een afwijzing van hun steven naar vernieuwing. De tegenstanders van het concilie zagen het juist als het begin van het herstel van de Nederlandse kerkprovincie. In de jaren daarna zou de polarisatie tussen deze twee groepen steeds grotere vormen aannemen. De benoeming, in 1972, van Jo Gijsen tot bisschop van Roermond zorgde ervoor dat die kloof tot in de bisschoppenconferentie zichtbaar was: samen met Simonis stond hij tegenover de overige bisschoppen die het Pastoraal Concilie mede hadden georganiseerd. In plaats van vernieuwing had het Pastoraal Concilie de tegenstellingen onder de Nederlandse katholieken aan het licht gebracht.