De tijd dat parochies, caritasinstellingen en katholieke begraafplaatsen zonder meer aan de aandacht van de belastingdienst ontsnapten ligt inmiddels in het verdere verleden. Kerkelijke instellingen kunnen belastingplichtig zijn en door toenemende automatisering is een gerichte belastingcontrole door overheidsinstanties ook steeds eenvoudiger. Belastingplichtig is in elk geval de kerkelijke instelling die mensen in dienst heeft. Daarnaast zijn er nog een aantal andere ingangen waarlangs de kerkelijke organisatie belastingplichtig kan zijn.
Elke organisatie, ook de kerkelijke, kan voor een boekencontrole door de belastingdienst of de Uitvoeringsinstelling Werknemersverzekeringen (UWV) in aanmerking komen. De belastingdienst meldt daartoe tevoren dat zij een boekenonderzoek wil houden en geeft aan welke stukken zij wil inzien. Bij het onderzoek gaat de aandacht van de belastingdienst met name uit naar betalingen aan derden. De UWV stuurt meestal een vragenlijst. Na het onderzoek ontvangt men een verslag van de bevindingen. Hierin staan de feiten verwoord zoals de belastingdienst of de UWV die heeft waargenomen. Eventueel staat in dit verslag vermeld of en zo ja welke naheffingsaanslagen (met of zonder boete) men denkt op te gaan leggen. Doorgaans krijgt de instelling twee weken de tijd om opmerkingen naar aanleiding van het (concept)verslag te maken. Voor zover daar feitelijke onjuistheden in staan, of conclusies worden getrokken die door de parochie of caritasinstelling niet worden gedeeld, wordt aanbevolen dit direct te melden bij de belastingdienst of de UWV. De belastingdienst en de UWV kunnen al dan niet een aanslag opleggen over de afgelopen vijf jaar. Tegen deze aanslag kan men bezwaar maken, de termijn hiervoor staat op de aanslag (normaal gesproken zes weken). De belastingdienst stuurt haar onderzoeksverslagen door naar de Uitvoeringsinstelling Werknemersverzekeringen (UWV), andersom gebeurt ook. Het oordeel of er wel/geen belasting- of premieplicht is kan per instantie verschillend zijn.
Van de hier bedoelde controle uitgezonderd zijn de zogenaamde vertrouwelijke boekingen, verband houdend met de eigen taak van de kerk en/of de bescherming van de persoonlijke levenssfeer (met name: in het kader van caritas). Als de belastingdienst de indruk heeft dat onder deze noemer onjuiste of oneigenlijke boekingen plaats vinden, zal inzage alsnog plaatsvinden, ditmaal door een speciaal daartoe aangewezen vertrouwenspersoon van de belastingdienst.
‘Betalingen aan derden’ zijn betalingen aan personen die niet in het kader van een beroep of bedrijf werkzaamheden hebben verricht. Door de belastingdienst wordt al spoedig aangenomen dat in geval van betalingen aan derden sprake is van een dienstbetrekking, tenzij het een eenmalige betaling betreft. Is sprake van met enige regelmaat voorkomende werkzaamheden, wordt al gauw een dienstverband aangenomen. In dat geval gelden de normale regels van loonbelasting en premieplicht. Betalingen aan derden worden in de administratie vastgelegd en opgegeven aan de belastingdienst. Elke betaling aan derden wordt opgenomen en opgegeven via daartoe aangewezen forumlieren, met uitzondering van de vrijwilligersvergoeding. Het komt aan de belastingdienst om te bepalen of vergoedingen wel/niet via de loonbelasting (hadden) moeten lopen en of zij wel/niet bovenmatig zijn.
Op het moment dat de een instelling een persoon betaalt (in geld of in natura) in ruil voor het persoonlijk verrichten van werkzaamheden, is meestal sprake van een arbeidsovereenkomst en dus van het bijhouden van een loonadministratie en het betalen van premies sociale verzekeringen. De parochie of caritasinstelling dient zelf voor tijdige en juiste aanmelding bij de belastingdienst zorg te dragen en ontvangt daarop de geldende regels.
Bij overdracht van onroerende zaken dient door de verkrijger 6% overdrachtsbelasting te worden betaald. Voor onroerende zaken die naar hun aard zijn bestemd om te worden gebruikt als woning geldt een tarief van 2%. Van overdrachtsbelasting kan vrijstelling worden gevraagd in het geval van samenvoeging (fusie), splitsing en/of reorganisatie. In dat laatste geval moet worden aangetoond dat de onroerende zaak voor dezelfde doelstelling gebruikt blijft, zij het door een andere eigenaar. De hier genoemde vrijstelling wordt niet automatisch verleend en dient per situatie aangevraagd te worden. Sommige bisdommen hebben hiertoe afspraken gemaakt met de belastingdienst.
De bij de uitkering van dividenden ingehouden dividendbelasting kan door de besturen van kerkelijke instellingen teruggevraagd worden. Buiten beschouwing blijft de dividendbelasting ingehouden op de opbrengst van effecten welke binnen 3 maanden na verkrijging weer zijn vervreemd. De ingehouden dividendbelasting moet meer dan 23 euro bedragen. Het bestuur kan bij de belastingdienst een verzoek om teruggave indienen. Bij de aangifte tot teruggave moeten de desbetreffende originele dividendnota's overgelegd worden. Dividendbelasting dient binnen 3 jaar na afloop van het kalenderjaar waarin de belasting is ingehouden te worden teruggevraagd.
