Deel 1 heet Physica en is natuurkundig van aard. Het behandelt in 513 hoofdstukken de wereld van planten, bomen, vissen, vogels, reptielen en zoogdieren, alsmede stenen, metalen en andere elementen vanuit een middeleeuws perspectief en met een focus op de geneeskrachtige werking ervan. De nieuwste uitgave (2010) is de eerste complete kritische teksteditie dankzij een recentelijk ontdekt Florentijnse manuscript.
Deel 2, Causae et caurae, is een genees- en gezondheidskundig werk en gaat o.a. over ziekten, voeding, vertering, gemoedstoestanden, mannelijke en vrouwelijke seksualiteit, embryologie, slapen en dromen, houdingen en bewegingen en de invloed van sterren en planeten.
Hildegard begint met een hoofdstuk over kosmologie en beschouwt de mens als een miniatuur-kopie van het universum. Vervolgens verschuift de focus naar ziektes en kwalen en hun behandeling met behulp van o.a. kruiden.
