Een secretariaat wordt ingericht door het bestuur van de parochie. Het bestuur stelt de werkzaamheden en de taakomschrijving van de (on)betaalde medewerkers vast, zorgt voor de nodige middelen, zoals apparatuur, programma’s, artikelen, een goede werkruimte en dergelijke. Het bestuurlijk aansturen van het secretariaat wordt bij voorkeur door de secretaris van het bestuur gedaan. Door middel van regelmatig overleg van de secretaris met de medewerkers kunnen de werkzaamheden op elkaar afgestemd worden, verbeterpunten besproken en eventuele problemen opgelost. De secretaris ziet ook toe op het opstellen van de nodige protocollen en/of werkbeschrijvingen en voert functioneringsgesprekken. Waar nodig biedt de secretaris ondersteuning bij het opzetten en onderhouden van het parochiearchief, het inrichten van registraties en noodzakelijke systemen. Het is niet nodig dat de secretaris zelf met alle systemen kan werken. Wel is het belangrijk dat hij of zij de medewerkers op het secretariaat kan begeleiden en ondersteunen en waar naar de juiste instanties kan verwijzen. Een regelmatige goede betrokkenheid van de secretaris bij de werkzaamheden van het secretariaat is van belang voor het goed functioneren van alle betrokkenen.
Het ligt voor de hand om het secretariaat van de parochie een centrale plaats te geven, een plaats die een centrumfunctie heeft, waar mensen naartoe trekken en/of die goed bereikbaar is. Praktische zaken, zoals representativiteit, toegankelijkheid en functionaliteit van de locatie zijn evenzeer van belang. De grote parochie beschikt vaak over meer gebouwen en deze kunnen op hun geschiktheid met elkaar worden vergeleken. Daarbij is het goed om op enigszins langere termijn te denken. In veel gevallen worden (gedeelten van) pastorieën of parochiehuizen geschikt gemaakt voor het secretariaat. Een gastvrije, frisse en moderne uitstraling zijn hierbij van groot belang. Voor veel mensen is het secretariaat de eerste kennismaking met de parochie en de sfeer die zij dan proeven heeft grote invloed op het beeld dat zij daarvan krijgen.
Het aantal medewerkers dat nodig is op een secretariaat hangt uiteraard af van de hoeveelheid werk die verricht moet worden. Er kan zeer goed gebruik worden gemaakt van vrijwilligers, deze zullen echter wel aangestuurd moeten worden door een professionele kracht die als hoofd secretariaat aanspreekpunt is voor het bestuur en het pastoraal team, die intern de werkzaamheden coördineert en die toeziet op de goede uitvoering van de werkzaamheden. Er kan gekozen worden voor één voltijdse medewerker of voor twee of meer deeltijdwerkers. In dat laatste geval is de organisatie doorgaans minder kwetsbaar, het vraagt echter wel om goede afspraken en onderlinge afstemming.
Het is noodzakelijk om de werkzaamheden in het secretariaat te differentiëren, zodat vele handen aan allerlei deeltaken kunnen werken. Vrijwilligers vinden het doorgaans prettig om een afgeronde taak te hebben, die overzichtelijk blijft en op hun capaciteit toegesneden is. Niet iedereen kan goed met een computer overweg en de mensen die dat wel kunnen zijn in staat om in relatief weinig tijd veel werkzaamheden te verrichten. Door specialisatie en interne taakverdeling moet het mogelijk zijn om met allerlei verschillende mensen een grote hoeveelheid werk te verzetten.
Alvorens aan de daadwerkelijke inrichting van een secretariaat te beginnen is het van belang om aan de hand van het (pastoraal) beleidsplan de doelstelling te omschrijven. Aangegeven wordt welke doelen worden nagestreefd met de inrichting van een modern secretariaat, zoals bereikbaarheid, herkenbaarheid, toegankelijkheid, kwaliteit, spin in het web, en dergelijke. Vervolgens wordt aangegeven welke activiteiten daartoe zullen worden verricht, zoals agendabeheer parochie, administratie en registratie, drukkerij, coördinatie, ondersteuning specifieke groepen. Tot slot volgt een inventarisatie van taken die in de parochie centraal en taken die decentraal en per locatie zullen worden uitgevoerd. Op basis van deze inventarisaties kan een schets worden gemaakt van de gewenste ruimtelijke situatie – bijvoorbeeld in de vorm van een Plan van Eisen - en kan op zoek worden gegaan naar geschikte huisvesting. Werkzaamheden kunnen nader worden bepaald en de daarmee samenhangende werklast ingeschat. Als dit allemaal is gedaan kan gezocht worden naar de daadwerkelijke bezetting van het secretariaat.
Het is duidelijk dat het inrichten van een centraal parochiesecretariaat niet iets is dat men in een paar dagen voor elkaar heeft. Niet alleen is een goed en doordacht plan nodig, men moet ook de parochianen en diverse medewerkers en vrijwilligers motiveren en liefst mee zien te krijgen, letterlijk en figuurlijk. Soms zal een verband, cluster of regio al beschikken over een goed lopend secretariaat, maar dat is nog niet altijd ook een parochiesecretariaat in de hier bedoelde zin. Het kan ook zijn dat het pastoraal team beschikt over goede secretariële ondersteuning. Ook hier geldt dat dit nog niet betekent dat de parochie over een goed secretariaat beschikt dat tevens een belangrijke rol speelt in de missionaire doelstellingen van de parochie. Wellicht moeten medewerkers wel van werkplek veranderen, anders gaan werken. Samenvoeging is een goed moment om nieuwe wegen in te slaan en voor het functioneren van de nieuwe parochie is het ook echt belangrijk dat men gebruik kan maken van een goed secretariaat. Dit betekent ook dat oude dingen verlaten moeten worden en nieuwe wegen ingeslagen. Dat vindt niet iedereen gemakkelijk. Daarbij is het van belang om als bestuur en pastoraal team steeds duidelijk voor ogen te houden welke doelen de parochie wil bereiken en dit ook steeds onder de aandacht te brengen. Een versnipperd beeld van diverse parochiële secretariaten die allemaal gedurende een paar uur per week open of bereikbaar zijn is voor de parochianen die de parochie goed kennen meestal geen probleem, maar voor alle andere geïnteresseerden wel.
Een nieuwe situatie wordt niet vanzelfsprekend door alle parochianen, medewerkers, vrijwilligers en werkgroepen aanvaard of nog mooier: gewaardeerd. Omdat het om een belangrijk onderdeel van nieuw en missionair beleid gaat is het van belang om voldoende aandacht aan de omvorming te besteden. Dat kan op allerlei goede manieren. Zowel intern als naar derden kan met een gerichte publiciteitscampagne bovendien duidelijk gemaakt worden dat de parochie een nieuwe fase in is gegaan, dat oude dingen zijn verlaten en dat er nieuwe initiatieven worden genomen. Dit is een mogelijkheid voor de parochie om positief in het nieuws te komen, iets moois neer te zetten dat zowel tastbaar als onzichtbaar van belang is voor het functioneren van de parochie. Een dergelijk kantelpunt kan ook gebruikt worden om op allerlei terrein een nieuwe manier van werken te introduceren, zoals bijvoorbeeld een centraal telefoonnummer, dat breed bekend wordt gemaakt. Het is verleidelijk om ter wille van de lieve vrede allerlei oude structuren te laten bestaan, maar dit is om allerlei redenen niet verstandig. Mensen raken gefrustreerd, nieuwe structureren krijgen geen kans, er blijft sprake van versnippering en de missionaire doelstellingen van de parochie worden niet bereikt. Dat is jammer van de tijd, de energie en het geld dat in de werkzaamheden wordt gestopt.