Het_manicheïsme was een sterk dualistische religie gesticht door de Perzische profeet Mani die leefde van omstreeks 216 tot 276 na Christus. Mani zag de kosmos als een slagveld waarop oneindige strijd werd gevoerd tussen het Goede en het Kwade. Het Goede werd geassocieerd met een spirituele wereld terwijl het Kwade in relatie werd gebracht met de materiële wereld. Deze eeuwige veldslag tussen het Goede en het Kwade manifesteert zich ook in de menselijke geschiedenis. Door het materiële leven te verloochenen hoopten manicheïsten zich los te kunnen maken van het Kwade en heropgenomen te worden in de spirituele wereld van het licht. Dit uitte zich in een zeer streng dieet en een uiterst sobere leefwijze. Het manicheïsme was sterk beïnvloed door religieuze stromingen die in haar ontstaansgebied aanwezig waren zoals het vroege christendom, gnostische religies, de leer van Zoroaster en het boeddhisme. Tussen de tweede en zevende eeuw na Christus was het manicheïsme van grote invloed op stromingen binnen het christendom die als ketterijen zijn bestempeld. Zelfs in de late middeleeuwen werd het etiket nog gebruikt voor heterodoxe groepen als de Albigenzen en de Waldenzen, die in de ogen van het kerkgezag ketters waren en waartegen met harde hand moest worden opgetreden. De vader van Aurelius Augustinus (die op latere leeftijd bisschop van Hippo werd en onder andere De Civitate Dei schreef) was een manicheïst en ook Augustinus zelf heeft zich met het manicheïsme bezig gehouden voordat hij zich definitief tot het christendom bekeerde.Mani beweerde dat hij de laatste, universele openbaring van God had ontvangen. Een openbaring die het christendom, het zoroastrisme, en alle andere geloofsovertuigingen zou verenigen. Mani was opgegroeid onder joodse christenen in Ctesiphon, maar hij verliet hen nadat hij zijn openbaring had ontvangen. Gedurende de volgende dertig jaar predikte hij in Irak, Perzië en India, en naar verluidt bevrijdde hij velen van demonen en ziekten.
Mani leerde dat er twee onafhankelijke eeuwige beginselen bestaan: licht en duisternis, of God en materie. Voor de schepping van de aarde waren licht en duisternis gescheiden, na de schepping werden ze vermengd, in de toekomst zouden ze weer worden gescheiden. Jezus en alle andere religieuze leiders waren gestuurd om menselijke zielen (behorend tot het beginsel van het licht) uit de gevangenis van hun lichaam (behorend tot het beginsel van de duisternis) te bevrijden. Volgens Mani hadden alle voorgaande profeten (Mozes, Boeddha, Zoroaster en Jezus) de waarheid verkondigd, maar hun leer was in de eeuwen na hun verkondiging beschadigd geraakt. Daarom was het Mani's taak om verwarrende berichten te verhelderen. Om een soortgelijke corruptie van zijn eigen werk te voorkomen, schreef Mani zelf zijn boodschap op en verbood het onzorgvuldig kopiëren van zijn teksten. Dit mocht niet baten; de Manichese geschriften bleven altijd schaars en de bronnen waar we tegenwoordig over beschikken bestaan vooral uit onvolledige citaten en parafrases, voornamelijk neergeschreven door religieuze rivalen. Door vereenvoudiging van zijn leer te verbieden, heeft Mani zijn volgelingen effectief beperkt tot een gedisciplineerde elite.
De Manichese geloofsgemeenschap werd verdeeld in een minderheid van priesters, bekend als de uitverkorenen, en een meerderheid van leken bekend als toehoorders. De toehoorders leefden een regulier bestaan en offerden de dagelijkse gaven van fruit, komkommers en meloenen, die volgens hen grote hoeveelheden licht bevatte, aan de uitverkorenen, die als asceten en vegetariërs leefden. Alleen de uitverkorenen konden verwachten naar de hemel te gaan na afloop van dit leven; de toehoorders zouden worden herboren en kregen dan nog een kans om een goed leven te leiden. Als ze hierin slaagden zouden ze terugkomen als uitverkorenen.
Mani was nooit populair onder de Magi (de religieuze leiders van het zoroastrisme), die er niet van hielden te worden beschuldigd van het beschadigen van de oorspronkelijke leer van Zoroaster. Het Manicheïsme leerde het tegenovergestelde van het zoroastrisme want het stelde dat de koning meer kwaad deed dan goed deed wanneer hij trachtte de gerechtigheid in het koninkrijk te bevorderen; verlossing zou alleen maar komen als zowel koning als burger zich zouden toeleggen op een strenge, celibataire levensstijl. De Magi gebruikte hun invloed aan het hof om Mani te tarten. Hij werd gevangen gezet en uiteindelijk geëxecuteerd.
Het Manicheïsme was echter niet zo gemakkelijk te tarten als haar profeet. Manichese missionarissen verspreiden de religie naar Afrika, Europa en zelfs naar China. In 274 vond het ingang in het Romeinse rijk, en tegen het einde van de derde eeuw had het Manicheïsme zoveel volgelingen dat de Romeinse keizer Diocletianus besloot ze te vervolgen. Hij noemde ze Perzische spionnen, ook al waren ze vijanden van het Perzische regime. Aurelius Augustinus was een tijdlang aanhanger van het Manicheïsme, maar later toen hij christen werd sprak hij zich herhaaldelijk tegen de manichese leer uit. Hij en andere kerkleiders wisten uiteindelijk het tij te keren, maar de manicheeërs bleven tot in de zesde eeuw openlijk hun religie beoefenen in het Westen. In 763 werden de Oeigoeren, een belangrijke stam in Mongolië en het noordwesten van China, bekeerd tot het Manicheïsme, maar tachtig jaar later verboden ze de Perzische religie, noemden het een godsdienst voor de barbaren, en wendden zich tot de lokale vorm van het boeddhisme. Er was ook een manichese opleving in het zuiden van China tijdens de dertiende en veertiende eeuw na Christus.
De ketterse groepen die bestonden in het middeleeuwse Europa en Klein-Azië hebben waarschijnlijk een deel van hun ideeën overgenomen van de manicheeërs. De Paulicianse beweging in het Byzantijnse Rijk wees het Manicheïsme af, maar leek er in haar opvattingen over de strijd tussen licht en duisternis wel erg op. De Paulicianen op hun beurt inspireerde de ketterij van de Albigenzen in Zuid-Frankrijk tijdens de twaalfde en dertiende eeuw, die paus Innocentius III meende te moeten onderdrukken door een kruistocht tegen hen af te kondigen. In de veertiende eeuw werden de laatste erfgenamen van het manicheïsme onderdrukt door de Ming keizers in China en de kerkelijke inquisitie in Europa.
