Pulcheria was een dochter van keizer Arcadius en zijn echtgenote Eudoxia. De naam Aelia werd doorgegeven door Aelia Flavia Flaccilla, de eerste vrouw van Pulcheria’s grootvader, Theodosius I, en die laat zien dat Flaccilla van Hispaanse afkomst was. Het werd een soort titel voor de vrouwen van de Theodosiaanse dynastie. Pulcheria’s oudere zus Flaccilla (geb. 397) stierf toen ze nog maar een kind was, zodat Pulcheria (geb. 399) de oudste werd. Jongere kinderen uit het gezin waren de latere keizer Theodosius II (geb. 401) en twee zussen, Arcadia (geb. 400) en Marina (geb. 403). Eudoxia stierf in 404, ten gevolge van een miskraam, Arcadius in 408. Zijn zoon Theodosius volgde hem onmiddellijk op als keizer, maar hij was nog maar zeven jaar oud en de feitelijke macht lag vooral bij de praefectus praetorio voor het Oosten, Anthemius. De zorg voor de kinderen lag echter in handen van het hoofd van de keizerlijke huishouding (praepositus sacri cubiculi), Antiochus. Hij was ook verantwoordelijk voor hun onderwijs.
Pulcheria was intelligent, evenals haar moeder dominant, en buitengewoon godsdienstig. De kerkhistoricus Sozomenus schrijft dat ze zowel Grieks als Latijn vloeiend beheerste. Ze was nog maar dertien jaar toen ze ervoor zorgde dat Antiochus het paleis verliet, waarna zij zelf de opvoeding en scholing van Theodosius voor haar rekening nam. Een jaar later legde zij een gelofte van maagdelijkheid af en bracht haar zusters ertoe hetzelfde te doen. Ongetwijfeld betekende dit voor haar toewijding aan God, maar Sozomenus suggereert dat er ook nog iets anders meespeelde. Zij wilde niet dat er ‘een vreemde man’ het paleis binnenkwam, wat wellicht inhoudt dat ze de Theodosiaanse dynastie veilig wilde stellen.
Terwijl haar moeder Eudoxia van het paleis een ontmoetingsplaats voor de hogere kringen had gemaakt, hing er nu onder invloed van Pulcheria eerder een monastieke sfeer. Er waren dagelijks vieringen, op woensdag en vrijdag werd er gevast, en voor cosmetica en luxe was weinig ruimte. Op een ander terrein sloot de vroomheid van Pulcheria echter aan bij de familietraditie: het gebruik van het eigen vermogen ten behoeve van de armen – ‘de minsten van dezen’ –, de kerk en kloosters. Zij besteedde grote sommen geld aan de bouw van kerken, kloosters en tehuizen voor bedelaars en daklozen, vanaf jonge leeftijd tot aan haar dood toe. Ook deed zij moeite om relieken van heiligen naar Constantinopel over te brengen en een plek te geven in de kerken aldaar. Zo werden in 420/21 relieken van Stefanus (vgl. Hand. 6-7) uit Jeruzalem naar Constantinopel gebracht, en in 434-36 werd de plaats waar de veertig martelaren van Sebaste begraven waren, gevonden.
In 414 werd Anthemius opgevolgd door Aurelianus, die in het verleden goede connecties had gehad met Eudoxia en al enige tijd een hoge positie had bekleed. In hetzelfde jaar riep Theodosius zijn oudste zus uit tot Augusta, keizerin. Naast Honorius en Theodosius, de beide andere Augusti, werd er een buste van Pulcheria geplaatst in het senaatshuis, en vanaf die tijd verschenen er ook munten met haar beeltenis. De keizer zelf was meer geïnteresseerd in teksten en manuscripten dan in regeren, zodat Pulcheria via hem grote invloed kon hebben op het beleid, vooral waar het religieuze aangelegenheden betrof.
Terwijl het Jodendom als ‘toegestane religie’ altijd de nodige vrijheid had bezeten, vaardigde Theodosius in 415 een wet uit waarin de bouw van nieuwe synagoges werd verboden, terwijl verlaten synagoges mochten worden vernietigd, als dat niet tot rellen zou leiden. Een andere wet uit hetzelfde jaar sluit degenen die de heidense religie uitoefenen uit van dienst in het leger en bij de overheid. En toen in Perzië de christenen werden vervolgd en dezen in groten getale naar het Romeinse Rijk vluchtten, verklaarde Theodosius, na 20 jaar vrede, de oorlog aan Perzië.
In 421 trouwde Theodosius met Athenaïs, de dochter van de filosoof Leontius uit Athene. Zij was naar Constantinopel gekomen en had zich laten dopen, waarna zij de naam Eudocia had aangenomen. Na haar huwelijk ontving ze bovendien de naam Aelia en twee jaar later riep de keizer haar tot Augusta uit, waarna ook zij op munten werd afgebeeld. Zij baarde twee dochters. Met de komst van Eudocia leken er meer mogelijkheden te komen voor de traditionele, heidense cultuur, mede doordat haar familieleden zich niet allen tot het christendom bekeerden en sommigen toch belangrijke functies kregen. Pulcheria verliet het keizerlijk paleis en vestigde zich met haar beide zusters en een aantal andere vrouwen, waarschijnlijk ook maagden, in de buitenwijken van de stad. Niettemin bleef zij ook daarna invloed hebben op de beslissingen van haar broer.
Het is niet onmogelijk dat aartsbisschop Atticus van Constantinopel (406-425) Pulcheria heeft geadviseerd, toen zij overwoog de gelofte van maagdelijkheid af te leggen. Het is bekend dat hij een boek heeft geschreven met de titel Over het geloof en de maagdelijkheid, dat verloren is gegaan. Waarschijnlijk heeft hij Maria, de moeder van Jezus, als voorbeeld van maagdelijkheid afgeschilderd. In een wel bewaard gebleven preek zegt hij dat Christus op mystieke wijze geboren wordt in de maagden, zoals hij vlees geworden is in de schoot van Maria. Maria was ook voor Pulcheria belangrijk als voorbeeld. Zij heeft waarschijnlijk drie Maria-kerken laten bouwen in Constantinopel, en over de rol die zij al of niet speelde bij de Hodegitria-icoon, de gordel en de lijkwade van Maria zijn de geleerden het niet eens.
Een gewaad van Pulcheria werd gebruikt als kleed over het altaar in de Grote Kerk van Constantinopel. Zij was hierin overigens niet de enige; ook van Olympias (ten tijde van Johannes Chrysostomus), Eudocia en Melania de Jongere dienden gewaden als altaarkleden. Bovendien liet Atticus of diens opvolger Sisinnius een schilderij van Pulcheria aanbrengen boven het altaar in de Grote Kerk. Verder mochten zij en haar huisgenoten ’s zondags na de communie met de bisschop dineren. Een van beide bisschoppen heeft waarschijnlijk ook het eerste Mariafeest geïntroduceerd in Constantinopel: een feest om Maria te eren en de maagdelijkheid te vieren op de dag na kerstmis (26 december). Tenslotte heeft Sisinnius ook toegelaten dat Pulcheria, samen met haar broer, keizer Theodosius, tijdens de eucharistieviering met Pasen de altaarruimte betrad om daar de communie te ontvangen.
Sisinnius’ opvolger, Nestorius, was een strenge asceet uit Antiochië, die onmiddellijk na zijn consecratie in april 428 allerlei maatregelen nam. Hij spoorde Theodosius aan wetten uit te vaardigen tegen de ketters en toe te zien op de naleving ervan. Hij riep het kerkvolk op zich verre te houden van circus, theater en dansen. En hij verbood monniken activiteiten buiten hun kloosters uit te oefenen. Vrouwen mochten geen actieve rol meer spelen bij de avondgebeden en de dodenwakes. Hij liet het schilderij van Pulcheria uit de Grote Kerk verwijderen, hij dineerde niet met haar op zondag, en hij stond niet toe dat zij de altaarruimte betrad.
Ook in de christologische strijd stonden Nestorius en Pulcheria tegenover elkaar. Kort na zijn aantreden als bisschop werd Nestorius betrokken bij de al bestaande strijd over het gebruik van de titel Theotokos (‘Moeder van God’, letterlijk: ‘God-draagster’) voor Maria. Al snel koos Nestorius voor degenen die de titel verwierpen. De theologische strijd die daarop volgde, waarin Cyrillus van Alexandrië de grote tegenspeler van Nestorius was, concentreerde zich op de christologie. Cyrillus beschuldigde zijn collega ervan Christus op te splitsen in twee personen, het goddelijke Woord en de mens Jezus; Nestorius ontkende dat te doen. Volgens Nestorius zou Cyrillus leren dat de eeuwige God geboren was uit een vrouw en kon lijden en sterven – wat Cyrillus ontkende. De concilies van Efeze (431) en Chalcedon (451) hebben de theologie van Cyrillus gecanoniseerd en die van Nestorius veroordeeld.
Voor Pulcheria speelde waarschijnlijk ook de mariologische kant van de strijd een rol, maar we beschikken over slechts weinig informatie betreffende haar betrokkenheid bij de controverse. Ook voor Proclus, in 428 woonachtig in Constantinopel, van 434-446/7 aartsbisschop van de hoofdstad, was de mariologie onderdeel van de strijd. Tegenover Nestorius stonden in de hoofdstad bovendien de advocaat Eusebius, later bisschop van Dorylaeum, de meeste monniken met hun abten, een deel van de clerus en van het volk. Pulcheria’s betrokkenheid bij de controverse blijkt onder andere hieruit dat Cyrillus van Alexandrië een drietal traktaten naar het hof stuurde, één naar de keizer, één naar Pulcheria en Eudocia, en één naar Arcadia en Marina (Holum bestrijdt deze traditionele visie op de geadresseerden). Dit was aanleiding voor de keizer om Cyrillus ervoor te berispen dat hij suggereerde dat er verschil van mening bestond aan het hof. Het is aannemelijk dat dat verschil inderdaad bestond, waarbij Theodosius meer sympathie had voor Nestorius dan zijn oudere zus.
In Efeze waren de bisschoppen verdeeld: het concilie onder leiding van Cyrillus is later aanvaard als het derde oecumenische concilie, maar er was een tegen-concilie onder leiding van Johannes van Antiochië, die met een aantal bisschoppen uit het oosten te laat aankwam. Het duurde tot 433 voordat beide groepen het eens werden, een Formule van Hereniging accepteerden, en de leer van Nestorius ook door de oosterse bisschoppen werd veroordeeld. Het hof had druk uitgeoefend op de bisschoppen om tot deze hereniging te komen. Het is goed mogelijk dat achter de schermen Pulcheria ook hier een belangrijke rol heeft gespeeld. Dit wordt in ieder geval gesuggereerd door Cyrillus’ aartsdiaken die er in een brief bij de nieuwe aartsbisschop van Constantinopel, Maximianus, op aandringt dat hij de hulp van Pulcheria inroept. En vanuit zijn verbanningsoord stelde Nestorius een kleine twintig jaar later Pulcheria verantwoordelijk voor de hardheid van zijn behandeling. Ook beschuldigde hij haar ervan dat zij seksuele relaties gehad zou hebben met diverse mannen.
Een nieuwe episode begon ca. 441 met de invloed die Chrysaphius op Theodosius had. Hij bewerkstelligde dat Cyrus, de populaire stadsprefect, werd verbannen. In 443 werd Chrysaphius hoofd van de keizerlijke huishouding, waardoor zijn macht over de keizer nog groter werd. Hij zorgde ervoor dat Pulcheria zich verder terugtrok, naar Hebdomon, zo’n zeven mijl buiten Constantinopel, en dat Eudocia beschuldigd werd van overspel met Theodosius’ jeugdvriend Paulinus, waarna de keizerin voorgoed naar het Heilige Land vertrok.
In 448 laaide de christologische strijd opnieuw op. De oude monnik Eutyches weigerde zich neer te leggen bij de Formule van Hereniging, waarin over twee naturen van Christus werd gesproken, maar sprak van één natuur en leerde dat de mensheid van Christus was opgegaan in zijn godheid als een druppel in een oceaan. Eutyches was de peetvader van Chrysaphius, en Theodosius stond aan zijn zijde, evenals Dioscorus, de opvolger van Cyrillus in Alexandrië. Nadat Eutyches was veroordeeld door aartsbisschop Flavianus en een plaatselijk concilie te Constantinopel, riep de keizer een algemeen concilie bijeen te Efeze (449), onder leiding van Dioscorus. Daar werd Eutyches gerehabiliteerd en Flavianus veroordeeld. Paus Leo I schreef zijn beroemde Tomus aan Flavianus, waarin hij eveneens de leer van Eutyches veroordeelt.
De paus schreef een brief aan Pulcheria en vroeg haar bij haar broer een nieuw concilie in Rome te bepleiten. Ook de keizerlijke familie in Rome benaderde Pulcheria op verzoek van paus Leo. Theodosius was echter niet van plan op zijn beslissing terug te komen. Het tij keerde toen Chrysaphius ruzie kreeg met de militaire leiding en in het voorjaar van 450 door de keizer werd verbannen. Pulcheria keerde onmiddellijk terug naar Constantinopel om haar broer bij te staan. In juli 450 viel Theodosius van zijn paard tijdens een jachtpartij en enige dagen later stierf hij aan zijn verwondingen. Omdat men niet toestond dat een vrouw alleen keizerin was, huwde Pulcheria officieel de generaal Marcianus, onder voorwaarde dat hij haar gelofte van maagdelijkheid zou respecteren. Korte tijd later werd hij uitgeroepen tot Augustus.
Marcianus was een militair die de religieuze zaken waarschijnlijk aan Pulcheria overliet. In ieder geval bleef de paus met haar corresponderen. Paus Leo wilde nu geen concilie meer, maar keizer en keizerin zetten het plan door en in oktober 451 vond het concilie van Chalcedon plaats, dat de leer van zowel Nestorius als Eutyches veroordeelde en in zijn ‘definitie’ uitsprak dat Christus ‘gekend wordt in twee naturen’ die ‘in één persoon en één hypostase samenkomen’. Toen Marcianus en Pulcheria gezamenlijk naar het concilie kwamen om de officiële aanvaarding van de definitie bij te wonen, riepen de afgevaardigden: ‘Marcianus is de nieuwe Constantijn. Pulcheria is de nieuwe Helena.’