Met godsdienstvrijheid wordt in het algemeen de individuele mogelijkheid tot het aanhangen van een specifieke godsdienst bedoeld. De nadruk ligt op de juridische voorzieningen die een staat treft om die mogelijkheid te waarborgen. De vrijheid om een bepaalde godsdienst aan te hangen wordt vaak als een grond- of basisrecht van de mens gezien.
De term godsdienstvrijheid kent echter nog een aantal aspecten die in acht genomen moeten worden. Zo kan buiten het hierboven genoemde aanhangen van een specifieke godsdienst gedacht worden aan de vrijheid en de mogelijkheid om godsdienstige rituelen en ceremonies uit te voeren, al dan niet in de openbare ruimte (hiervan is de discussie omtrent het ritueel slachten in Nederland een goed voorbeeld); de mogelijkheid om een levensfilosofie aan te hangen die niet als godsdienst erkent wordt of wil worden (zoals bijvoorbeeld het humanisme); of de mogelijkheid om geen enkele godsdienst aan te hangen (een uitbreiding van de traditionele definitie van godsdienstvrijheid waar atheisten naar streven).
In 1796 werden kerk en staat officieel gescheiden in Nederland. Hiermee werd Nederland een seculiere staat. De garantie dat de staat zich niet inhoudelijk zou bemoeien met de kerken in Nederland was een belangrijke bevestiging van de religieuse tolerantie in de Lage Landen. Hoewel een seculiere staat geen absoluut vereiste is voor godsdienstvrijheid, lijkt haar tegenpool, de staatsgodsdienst, op gespannen voet met de godsdienstvrijheid te bestaan.
Godsdienstvrijheid werd in 1848 opgenomen in artikel 6 van de Nederlandse grondwet. Dit artikel bestaat uit twee clausules. De eerste verwoordt het recht op godsdienstvrijheid als volgt: “Ieder heeft het recht zijn godsdienst of levensovertuiging, individueel of in gemeenschap met anderen, vrij te belijden, behoudens ieders verantwoordelijkheid volgens de wet.” Hierbij moet worden opgemerkt dat het ‘belijden’ niet gespecificeerd wordt (omvat dit het uitvoeren van religieuze praktijken?), het voorbehoud van eenieders ‘verantwoordelijkheid volgens de wet’, en de gelijkschakeling van godsdienst en levensovertuiging, zonder echter de vrijheid om geen enkele godsdienst aan te hangen te noemen.
De tweede clausule is beperkend van aard: “De wet kan ter zake van dit recht buiten gebouwen en besloten plaatsen regels stellen ter bescherming van de gezondheid, in het belang van het verkeer en ter bestrijding of voorkoming van wanordelijkheden.” Hiermee kan de staat in de openbare ruimte alsnog optreden tegen wat zij als buitenissige expressie van geloofsbelijdenis ervaart.
Deze verwoording is duidelijker en explicieter dan die van de Nederlandse grondwet. Niet alleen wordt uitgewerkt wat verstaan wordt onder ‘belijden’, ook wordt uitdrukkelijk vermeld dat het veranderen van godsdienst een grondrecht is. Dit is van belang omdat apostasie, het verlaten van een specifiek geloof, bij bepaalde religies uitdrukkelijk verboden is (bijvoorbeeld in de Islam). Hiermee wordt godsdienstvrijheid niet alleen een zaak tussen individu en staat, maar ook tussen een individu en de vertegenwoordigers van de religie die hij wenst te verlaten. De vrijheid om expliciet geen godsdienst aan te hangen wordt niet genoemd.
De verhouding tussen de katholieke Kerk en de godsdienstvrijheid kent twee kanten: allereerst de mate waarin katholieken doorheen de geschiedenis in staat zijn geweest hun godsdienst te belijden, al dan niet in de openbare ruimte, ten tweede het officiële standpunt van de kerk inzake godsdienstvrijheid als grondrecht van de mens.
Voor wat betreft de godsdienstvrijheid die katholieken doorheen de geschiedenis ten deel is gevallen is de uitvaardiging van het Edict van Milaan een belangrijke gebeurtenis. Deze verklaring werd in 313 ondertekend door Licinius, de keizer van het West-Romeinse Rijk, en Constantijn de Grote, die keizer was van het Byzantijnse of Oost-Romeinse Rijk. Het edict gaf Romeinse burgers het recht om zelf hun godsdienst te kiezen. Verder werd erin bepaald dat christen hun eerder ontnomen bezittingen terug zouden krijgen. Het Edict van Milaan was een officiële bevestiging van een trent die al een aantal jaren aan de gang was. De vervolgingen die christenen hadden moeten verduren gedurende de eerste paar eeuwen na het ontstaan van het christendom, met name onder keizer Domitianus en Septimius Severus waren tot een halt gekomen. In 380 kreeg het christendom zelfs de status van staatsgodsdienst van het Romeinse Rijk.
Na de gebeurtenissen in de vierde eeuw konden christen zonder problemen hun godsdienst belijden (met uitzondering van hen die een volgens het leergezag ketterse variant van het christendom aanhingen). Na de reformatie en contra-reformatie waren er echter weer instanties waar katholieken niet in het openbaar voor hun geloof uit konden komen, of waar de onderdelen van de geloofspraktijk door de overheid werden verboden. Na 1581 werd in de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden de openbare uitoefening van de katholieke godsdienst verboden. Katholieken werden als tweederangs burgers behandeld en moesten voor hun eredienst hun toevlucht zoeken in schuilkerken. Deze situatie duurde tot 1795 toen de Bataafse Republiek in de plaats kwam van het oude regime en katholieken dezelfde rechten kregen als protestanten. Het duurde echter nog tot 1853 voor de bisschoppelijke hiërarchie hersteld werd.
In de meeste landen is tegenwoordig de godsdienstvrijheid een feit. In een aantal landen, over het algemeen met strikt autoritaire regimes, worden christenen en katholieken nog vervolgt, of kunnen zij hun godsdienst niet uitoefenen zonder bemoeienis van de overheid. In Noord-Korea is het verboden om het christelijk geloof te belijden of zelfs maar christelijke parafernalia te bezitten. In Iran, Irak en Saudie-Arabië wordt christenen ook niet toegestaan om in het openbaar hun geloof te belijden. Ook in Eritrea en de Soedan worden christenen vervolgd. In China worden christenen niet vervolgd maar bemoeit de overheid zich met de besluitvorming binnen de Rooms-katholieke Kerk. Zij benoemt bisschoppen die niet door het Vaticaan zijn goedgekeurd (en die dus automatisch een excommunicatie oplopen) en erkent de door Rome benoemde bisschoppen niet. De Chinese regering doet overigens hetzelfde met de Tibetaanse boeddhisten.
Voor wat betreft de houding van de (Rooms-)katholieke Kerk ten opzicht van godsdienstvrijheid kan gezegd worden dat zij deze pas vanaf het tweede Vaticaans Concilie officieel erkent, zoals opgetekend in de verklaring Dignitatis Humanae. Daarvoor heeft de Kerk zich in wisselende mate zowel tolerant als intolerant opgesteld tegen ketters en anders-gelovigen. Vooral tijdens de middeleeuwen heeft de Kerk aktie ondernomen tegen met name joden en moslims, zoals bijvoorbeeld na de reconquista op het Iberisch schiereiland. Joden mochten niet langer hun godsdienst uitoefenen en joden die zich bekeerden tot het christendom werden het slachtoffer van de niet altijd even goedaardige aandacht van de Spaanse Inquisitie. In de vijftiende eeuw werd de van Cyprianus bekende uitspraak Extra Ecclesiam Nulla Salus (‘buiten de kerk geen heil’) verheven tot dogma, waardoor intolerantie jegens anders-gelovigen alleen maar werd aangemoedigd.
Ook ketters en schismatici (‘kerkscheurders’) werden van tijd tot tijd vervolgd door de kerk. Een voorbeeld van de aggressieve houding van de Kerk ten opzichte van wat zij als ketterijen ervaarde is de kruistocht tegen de Albigenzen; de enige kruistocht die zich tegen christenen richtte.
Tegenwoordig echter is de Rooms-katholieke Kerk dus een uitgesproken voorstander van godsdienstvrijheid omdat dit een voortvloeisel lijkt te zijn uit de nadruk op gewetensvrijheid. De Kerk plaatst erg veel belang bij de positieve en optimistische beoordeling van het menselijk geweten. De mens dient dan ook naar zijn geweten te kunnen handelen zelfs als een gevolg hiervan is dat hij een andere religie aanhangt dan het christelijke geloof. Hiermee is echter niet gezegd dat de Kerk relativistisch of onverschillig is ten opzichte van het eigen geloof. Het is niet zo dat de Kerk godsdienstvrijheid voorstaat omdat zij van mening is dat alle geloven ‘waar’ zijn, of leiden naar het ultieme heil. Zij wil slechts dat het voor alle mensen mogelijk is naar hun geweten te leven.