De Sahidisch-Koptische naam ‘Pachom’ (eigenlijk ‘Pahoom’), met ‘Pachomius’ als Latijnse vorm, komt van het Oud-Egyptische ‘Pa-achem’ en betekent ‘de valk’. De Arabische vorm is ‘Bakhum’.
De beschikbare bronnen zijn zeer omvangrijk en divers:
De originele versie van het Leven was vrijwel zeker in het Sahidisch geschreven, maar van de Sahidische versie (S) zijn slechts fragmenten overgeleverd. De Bohairische tekst (Bo; 9e eeuw) en de beste Griekse versie (G1 of Vita Prima; datering onzeker) zijn grotendeels of helemaal compleet en stemmen inhoudelijk redelijk met elkaar overeen, maar zijn late compilaties. Het is onbekend welke van de twee het dichtst bij de originele tekst staat: Paulin Ladeuze pleitte voor G1, maar volgens Louis Théophile Lefort is de Bohairische versie ouder.
In Bo (194) staat dat Theodorus († 368) in het Koptisch een toespraak over Pachomius hield en dat enkele broeders er een Griekse vertaling van maakten voor degenen die geen Koptisch kenden. Volgens G1 (98) werden anekdotes over Pachomius pas vastgelegd toen degenen die hem persoonlijk gekend hadden overleden waren, om te voorkomen dat hun vertellingen vergeten zouden worden. Dat zou rond 390 geweest zijn. In de loop der tijd kwamen er wonderverhalen bij en werden er nieuwe compilaties gemaakt die op Pachomius’ feestdag werden voorgedragen.
Pachomius was afkomstig uit het district Snè (Gr.: Latopolis; Arab.: Esna) in zuidelijk Egypte en kwam uit een polytheïstisch gezin. Toen hij twintig jaar was, werd hij rekruut in het leger van keizer Constantijn, die tegen de Perzen ten strijde trok, omdat ze het Oost-Romeinse Rijk waren binnengevallen. De rekruten reisden per boot noordwaarts en meerden in Thebe (Arab.: Luxor) aan, waar ze om niet nader genoemde redenen opgepakt en gevangengenomen werden. ’s Avonds kwamen christenen hun eten brengen. Hun liefdadigheid maakte een onuitwisbare indruk op Pachomius. Toen de rekruten weer op vrije voeten waren, reisden ze per boot naar Antinoë in Midden-Egypte voor de bevoorrading, maar opnieuw werden ze opgepakt. Pas na een decreet van Constantijn werden ze vrijgelaten (Bo 3, 7-8).
Onderweg naar huis kwam Pachomius langs het dorp Sjenesèt (Gr.: Chenoboskion; Arab.: Qasr al-Sayyid, bij Nag Hammadi), waar God hem influisterde dat hij in de tempel van Serapis moest gaan wonen. Hij legde veel contacten met dorpelingen en voorbijgangers en volgens de overlevering verhuisde een grote groep mensen naar Sjenesèt om net zoals Pachomius te leven. In die tijd werd hij naar de kerk gebracht en gedoopt (Bo 8).
Na drie jaar vond Pachomius het te druk in het dorp en ging hij naar de kluizenaar Palamon om zijn leerling te worden. Deze had al meerdere leerlingen en leefde volgens strenge regels: dagelijks waakte hij de halve nacht, vastte veel en bad continu. Deze levenswijze viel Pachomius zwaar, maar hij hield vol en ging regelmatig naar tombes om erin te overnachten (Bo 10, 12).
Pachomius bleef zeven jaar bij de kluizenaarsgemeenschap van Palamon. Tijdens een van zijn lange wandelingen door de woestijn kwam hij bij het verlaten dorp Tabennèsi, in de bocht van de Nijl. Daar hoorde hij een hemelse stem die hem opdroeg zich in het dorp te vestigen en er een woning te bouwen. Dat deed hij en rond 322 ontstond er een klooster (Bo 17).
Pachomius organiseerde zijn klooster naar het voorbeeld van de vroege christelijke gemeente in Jeruzalem (Handelingen 4:32-35) en stelde regels op (zie beneden). Toen er ongeveer honderd monniken waren, bouwden ze een kerk. Pachomius had liever geen broeders met kerkelijke titels in zijn klooster, omdat dit tot jaloezie en hoogmoed kon leiden, en liet daarom elke zondag een priester uit het dorp komen. Als hij wel een geestelijke toeliet, moest deze zich net als alle andere broeders aan de regels houden. Pachomius benoemde voor elk huis en elke gemeenschappelijke voorziening een opzichter (‘vader’) en een assistent (‘tweede’) (Bo 23, 25-26).
Maria, Pachomius’ zus, wilde haar broer bezoeken, maar kreeg hem niet te zien. Via een tussenpersoon adviseerde hij haar om zich in een woning in de buurt van zijn klooster te vestigen. Ook zij kreeg volgelingen en werd moederoverste. Voor de catechese stuurde Pachomius een oudere monnik naar hen toe (Bo 27).
Toen de gemeenschap in Tabennèsi erg groot werd, ging Pachomius met enkele broeders op pad om een nieuw klooster te stichten. In het verlaten dorp Pbow (bij het huidige dorp Faw Qibli), tussen Sjenesèt en Tabennèsi, bouwde hij rond 330 een ommuring, een kleine feestzaal – met toestemming van de lokale bisschop in Hiw (Gr.: Diospolis Parva) – en huizen. Dit klooster was voortaan het centrum van de koinonia en Pachomius’ residentie. Beide kloosters vielen onder zijn gezag, maar zijn leerling (en latere opvolger) Theodorus nam het dagelijkse bestuur van de gemeenschap in Tabennèsi over. Diens broer Paphnoute, die in Pbow woonde, formuleerde regels voor de handenarbeid die in de negen kloosters verricht moest worden (Bo 49, 55, 70-71).
De koinonia breidde zich razendsnel uit. Een klooster in Sjenesèt en de bestaande gemeenschappen Themousjons en Thebew werden op verzoek van hun oversten volgens de regels van Pachomius georganiseerd. Ook werden er nieuwe kloosters gebouwd: in het noorden de nonnenkloosters Tsè en Tsmine bij Sjmin (Gr.: Panopolis; Arab.: Achmim) en in het zuiden een klooster in de plaats Phnoum bij Snè, het gebied waar Pachomius vandaan kwam (Bo 50-51, 56-58).
De meest betrouwbare bron voor een schatting van het aantal kloosterlingen is de Griekse Brief van Ammon, een verslag van een bisschop over zijn tijd in het klooster van Pbow (352-355) nog geen tien jaar na de dood van Pachomius. Volgens de auteur telde het hoofdklooster 600 broeders en kwamen er met Pasen 2000 monniken uit de hele koinonia samen. Vermoedelijk lag het totaal hoger, maar kon een aantal kloosterlingen niet aanwezig zijn wegens ziekte, ouderdom of belangrijke taken. Tijdens Pachomius’ leven was het totale aantal waarschijnlijk iets minder, maximaal 2000 personen.
De door Pachomius gestichte kloosters waren koinobia, gemeenschappen waarin de monniken gezamenlijk leefden (Gr.: koinos bios), baden en werkten. Het voornaamste doel was het zielenheil van iedere monnik, door volgens het evangelie te leven en door eensgezind en dienstbaar te zijn.
Alle aspecten van het dagelijkse leven werden gereguleerd, maar Pachomius vond het niet nodig om volgens de ascetische regels van zijn leermeester Palamon te leven. Als het lichaam gezond was, kon men zich geestelijk beter ontwikkelen. De voorschriften van Pachomius kunnen als volgt worden samengevat:
Volgens het Leven was Pachomius een mild leider en een wijze leermeester. Als iemand onredelijk tegen hem was, bood Pachomius zijn excuses aan, alsof hij zelf een fout had begaan. Daardoor werd de onredelijke persoon mild gestemd en dwaalde hij niet af van het goede levenspad (Bo 42, 62). Enkele malen sprak Pachomius een broeder niet direct aan op een fout, maar zorgde hij ervoor dat deze zelf inzag wat hij verkeerd had gedaan (Bo 59, 72).