Er zijn maar weinig kerkelijke instituten doorheen de geschiedenis die zo tot de verbeelding spreken als de inquisitie. Het begrip is zelfs tot dusverre een eigen leven gaan leiden dat het vaker spreekwoordelijk dan eigenlijk wordt gebruikt (een fenomeen dat, hoewel in iets mindere mate, ook bij het woord kruistocht te observeren is). In de ervaring van velen zal de sketch van Monty Python, waarin de punchline ‘nobody expects the Spanish inquisition!’ menigmaal herhaald wordt, eerder uit de diepten van het geheugen boven komen drijven dan feiten over de historische inquisitie, die doorheen de geschiedenis verscheidene gedaanten heeft aangenomen. Dit dossier gaat inhoudelijk in op de pauselijke inquisitie, haar ontstaansgeschiedenis en haar doelen en methoden. Hoewel hier niet de nadruk op ligt, zullen de Spaanse inquisitie en de Romeinse inquisitie ook kort, inhoudelijk beschreven worden, opdat duidelijk wordt dat het hier om gelijkaardige, doch onderling verschillende instituten handelt. Ook zullen enkele beroemde, of in sommige gevallen beruchte, inquisiteurs de revue passeren, alsmede de specifieke gebeurtenissen die, terecht of onterecht, met hun levensloop geassocieerd worden.
Al aan het einde van de twaalfde eeuw warden bisschoppen opgeroepen om ketters op te sporen, te veroordelen en hen in sommige gevallen over te leveren aan de wereldlijke autoriteiten. Dit fenomeen, ook wel de episcopale inquisitie genoemd (hoewel dit een anachronistische benaming is), ontstond na de promulgatie van de pauselijke bul Ad abolendam (Latijn voor ‘Tot afschaffing’) door Paus Lucius III. Directe aanleiding voor het schrijven van de bul, en de daarop volgende aanvang van de episcopale inquisitie, was de proliferatie van heterodoxe stromingen in het Zuiden van Frankrijk en het Noorden van Italië, zoals de katharen, de waldenzen en de albigenzen. Deze geloofsgemeenschappen propageerden een alternatieve, sterk dualistische interpretaties van het christelijke geloof, welke door de kerkelijke autoriteiten niet anders als ketterijen en dwaalleren konden worden bestempeld. Deze episcopale inquisitie was een gedecentraliseerd gebeuren waarbij elke (aarts)bisschop verantwoordelijk was voor het opsporen en berechten van ketters binnen zijn eigen diocesane jurisdictie.
De episcopale inquisitie was echter niet succesvol. In de jaren dertig van de dertiende eeuw, werd een aantal pauselijke bullen gepromulgeerd door Paus Gregorius IX, dat een nieuw soort inquisitie tot gevolg had. Deze zogenaamde pauselijke inquisitie werd niet meer uitgevoerd door de lokale bisschoppen, maar door geestelijken die hier al hun beschikbare tijd aan konden besteden. Al snel kreeg de bedelorde van de dominicanen, de zogenaamde predikbroeders, een overgroot aandeel in de werkzaamheden van de inquisitie. Individuele geestelijken kregen de opdracht in een bepaald gebied ketterijen op te sporen en de heterodoxe geloofsgemeenschappen te vervolgen. Er bestond dus geen centrale sturing van de speurwerkzaamheden of een eenheid van methoden en technieken. Hierdoor is de impact van de inquisitie per gebied verschillend; in sommige gebieden en perioden werden veel processen gevoerd en werd vrijwel iedereen voortdurend in de gaten gehouden. In andere streken konden heterodoxe geloofsgemeenschappen ongestoord tot bloei komen.
Wanneer een inquisiteur een onderzoek startte, kregen alle inwoners van een gebied eerst de mogelijkheid aangeboden om vrijwillig te bekennen dat men een ketterse leer aanhing. Hierna begon het werkelijke onderzoek, waarbij de inquisiteur met behulp van informanten zoveel mogelijk aanwijzingen van ketterij probeerde te vinden. Verdachten werden ondervraagt, waarbij vanaf 1252 ook foltertechnieken mochten worden toegepast, waarbij de aanklager aanstuurde op een volledige bekentenis en op informatie over andere verdachten. Wanneer een volledige verdachte werd afgelegd, kon de verdachte rekenen op een (relatief) lichte straf. Wanneer iemand echter schuldig werd bevonden terwijl hij de aantijgingen bleef ontkennen, werd de zwaarst mogelijke straf opgelegd. Straffen die de kerk oplegde waren bijvoorbeeld het ondernemen van een pelgrimage, het bidden van een aantal gebeden of het doen van goede werken. Voor zwaardere vergrijpen of het blijven ontkennen van ketterij werden de schuldigen overgedragen aan de wereldlijke autoriteiten, die lijfstraffen of zelfs de doodstraf door middel van de brandstapel konden uitvoeren. De inquisiteurs konden deze vonnissen zelf niet uitvoeren, omdat zij als geestelijken gehouden waren aan het gebod niet te doden.
